由于生物有機肥和精制有機肥（將畜禽糞便、秸稈等有機物料進行無害化處理后形成的商品有機肥）在商品形態(tài)上區(qū)別不大，加之一些精制有機肥廠家夸大宣傳，在包裝標識上打擦邊球，有意靠近生物有機肥，給廣大農(nóng)民和一些經(jīng)銷商造成概念上的混淆。其實，生物有機肥和精制有機肥是有本質(zhì)區(qū)別的。

 生物有機肥執(zhí)行標準為NY884—2004，以有效活菌數(shù)和有機質(zhì)為考量指標，要求每克含有效活菌數(shù)不低于2000萬個，有機質(zhì)不低于25%（按新檢測方法調(diào)整為40%）。對無機養(yǎng)分的要求為：若產(chǎn)品中加入無機養(yǎng)分，應(yīng)明示產(chǎn)品中總養(yǎng)分含量，以氮、五氧化二磷、氧化鉀總量表示；而精制有機肥執(zhí)行標準為NY525—2002，以有機質(zhì)和氮磷鉀為考量指標，要求有機質(zhì)不低于30%，氮磷鉀總含量不低于4%。簡單說，生物有機肥含有益功能菌，精制有機肥不含有益功能菌。

  第二、管理權(quán)限不同。生物有機肥的管理、發(fā)證機關(guān)為國家農(nóng)業(yè)部，只有獲得農(nóng)業(yè)部微生物肥料登記證的生物有機肥才允許生產(chǎn)、銷售和使用；精制有機肥的管理、發(fā)證機關(guān)為省級農(nóng)業(yè)主管部門。簡單說，生物有機肥是國家發(fā)證，精制有機肥是省上發(fā)證，這是區(qū)別生物有機肥和精制有機肥 直接的方法。

  第三、生產(chǎn)工藝不同。生物有機肥是在發(fā)酵腐熟的有機肥中加入有益菌制成的，生產(chǎn)工藝的核心是菌種的發(fā)酵培養(yǎng)，培養(yǎng)結(jié)果要使產(chǎn)品中的有效活菌數(shù)達到農(nóng)業(yè)行業(yè)標準的要求，否則就是不合格產(chǎn)品。而精制有機肥的生產(chǎn)工藝僅僅是有機肥的腐熟。從生產(chǎn)工藝考量，生物有機肥有菌種培養(yǎng)工藝，精制有機肥沒有。有經(jīng)驗的經(jīng)銷商考察生物有機肥企業(yè)時，不僅看廠區(qū)規(guī)模，還要看有沒有菌種培養(yǎng)工藝和工藝的先進性。

  第四、施用效果不同。生物有機肥發(fā)揮作用的主要是其中的有益功能菌，因此除具有精制有機肥補充土壤有機質(zhì)的功能外，還有疏松土壤、改善農(nóng)作物品質(zhì)、提高化肥利用率、刺激根系發(fā)育、防病抑病等菌肥的功能，另外，生物有機肥中的功能菌還能促進有機質(zhì)進一步熟化和營養(yǎng)物質(zhì)轉(zhuǎn)化，提高有機質(zhì)效能。簡單說，生物有機肥的功能要比精制有機肥寬泛得多，充其量也只能說精制有機肥是生物有機肥的半成品。

  第五、銷售價格不同。相對精制有機肥而言，生物有機肥增加了菌種發(fā)酵環(huán)節(jié)，對工藝的要求要嚴格得多，較大幅度增加了生產(chǎn)成本，售價也相應(yīng)提高。